A mediados de diciembre ambas naves intentaron partir cargadas con clavo, pero la Trinidad casi de inmediato comenzó a hacer agua.
Se acordó que la Victoria partiría para España y la Trinidad permanecería allí para realizar reparaciones.
Se declaró el escorbuto, en última instancia, matando a 30 hombres y dejando solo 20 para navegar en el barco.
Espinosa envió una carta a Brito rogándole suministros.
La Trinidad navegó de regreso a Ternate donde sus velas y aparejos fueron retirados.
[4] Los tres restantes —el comandante Espinosa, Ginés de Mafra, marino y cronista de la expedición, y el artillero noruego Hans Vargue (o Bergen)— pasaron dos años en trabajos forzados antes de ser enviados a Lisboa, pasando más años en la cárcel.