Allí varios capitanes se amotinaron contra Magallanes, apoderándose de las naos Concepción, San Antonio y Victoria.

Los amotinados enviaron un bote a la Trinidad, la nave de Magallanes, con un mensaje pidiendo negociar.

El 24 de agosto prosiguen la navegación hacia el sur buscando un paso al océano Pacífico.

Magallanes también perderá la San Antonio, que al ser enviada en una misión de exploración deserta poniendo rumbo a España.

Temiendo otra traición, los expedicionarios envían a Espinosa como embajador, siendo recibido por la corte del rey en su palacio.

También se acordó nombrar a Juan Sebastián Elcano capitán de la Victoria.

Las dos naves se separaron, partiendo la Victoria, al mando de Elcano, el día 21 en solitario hacia el oeste.

Sin embargo, permanecieron en prisión otros siete meses más hasta que Carlos I consiguió su libertad en 1527.

[16]​ Consta que en 1538 seguía vivo y desempeñando sus funciones como oficial del rey.