Durante este viaje escribió recuentos detallados sobre las culturas extranjeras que visitaba.

El 27 de abril de 1521, Magallanes y sus soldados desembarcaron en la isla (en lo que ellos denominaban «descubrimiento»), pero fueron rechazados por unos mil guerreros, que los diezmaron (batalla de Mactán) y mataron a Magallanes.

Fue nombrado capitán del barco Victoria y comandante de la expedición ―junto a João Serrão―.

Duarte Barbosa maltrataba a Enrique de Malaca y le amenazaba con enviarlo a Portugal como esclavo de la viuda de Magallanes, por lo que Enrique urdió un complot con el rajá Humabón para matar a los españoles.

Dos días después, el rajá Humabón les ofreció un banquete, en el que los envenenó.