Es importante señalar que, en aquellos tiempos, era técnicamente imposible saber con certeza si ciertas tierras (muy notablemente las Islas Molucas, también conocidas como Islas de las Especias) quedaban en el área española o en la portuguesa, y esa incertidumbre era fuente de interminables discusiones, y a ello se sumaba el hecho de que los portugueses seguían sin aceptar la interpretación española de que el meridiano antípoda al de Tordesillas fuese un delimitador válido con el cual la Tierra pudiera ser repartida en dos hemisferios iguales.
Sin embargo, en las décadas posteriores el tratado no fue cumplido en su totalidad, ya que España colonizó islas que quedaban claramente del lado portugués, como las Filipinas y partes de Formosa (actual Taiwán), mientras que Portugal, por su parte, extendió el área de Brasil hacia el oeste del meridiano acordado en Tordesillas en 1494.
La posesión de una base territorial en esta zona era un suculento bocado comercial, ya que permitía acceder al comercio con China y Japón.
Además, estaba el acceso a las especias (clavo, canela, pimienta...), tremendamente cotizadas en la Europa del siglo XVI.
Al día siguiente redescubrieron un grupo de islas situadas a 19°O 20°N al que llamaron Corrales, y anclaron en una de estas islas, a la que le pusieron por nombre La Anublada (hoy San Benedicto), y a los peñascos les dieron el nombre de Los Inocentes.
Este barco llegó finalmente a la isla de Mazaua, un lugar en donde había anclado Magallanes en 1521.
La flota permaneció allí durante 32 días, la tripulación entera sufría hambre extrema.
[2] La nave descubrió varias islas, pero al no encontrar vientos favorables, se vio obligada a regresar a las Filipinas (la ansiada ruta del tornaviaje sería descubierta veintidós años más tarde, por Andrés de Urdaneta).
Villalobos y su tripulación se dirigieron luego a las islas de Samar y Leyte, a las que llamaron Islas Filipinas en honor del príncipe heredero de España, el futuro rey Felipe II.
Buscaron refugio en las Molucas, y después de algunas escaramuzas con los portugueses, fueron encarcelados.
Se embarcaron para Malaca, donde los portugueses les pusieron en un barco con destino a Lisboa.