Entre su tripulación se encontraba Juan Sebastián Elcano, como maestre de la embarcación, marino que lograría realizar la primera circunnavegación de la Tierra capitaneando la nao Victoria.Magallanes consigue reprimir la rebelión y manda ejecutar a Quesada.Llegaron al cabo Vírgenes el 21 de octubre, donde Magallanes ordena a la Concepción y a la San Antonio explorar el canal que luego sería conocido como estrecho de Magallanes.Magallanes decide emprender la navegación del canal con las otras naos.Cuando habían recorrido cincuenta leguas en el estrecho manda a la San Antonio adelantarse para buscar la salida.La tripulación de la San Antonio decide desertar, desandando el camino y poniendo rumbo a España.Tras este éxito inicial, Magallanes intenta someter a otros reyes de las islas.