Combatió contra la invasión tucumana en la batalla de Chiflón, del año 1835.
Derrotó al coronel Risso Patrón en Andalgalá y avanzó nuevamente sobre Catamarca; pero la reunión de las fuerzas de Lamadrid y Lavalle lo obligaron a esperar una nueva oportunidad.
Un conflicto entre los departamentos del centro de la provincia y los del oeste lo obligó a renunciar en diciembre, tras reunir una nueva legislatura, siendo suplantado por Nieva y Castilla el día 13 de diciembre.
Distintos oficiales a sus órdenes combatieron contra ambas divisiones enemigas, pero Balboa no las enfrentó personalmente; esta extraña actitud le valió la enemistad de Nieva, quien pretendió infructuosamente despojarlo de su mando militar.
Al año siguiente apoyó la llegada al poder del gobernador Sinforeano Lascano, que lo envió a Tucumán, por una nueva lucha por el poder entre Gutiérrez y sus enemigos, pero en este caso ayudó a la derrota de Gutiérrez.