En particular, una larga rebelión del llamado primer federalismo cordobés, la sublevación de Juan Francisco Borges en Santiago del Estero y la autonomía lograda para la provincia de Salta por el gobernador Güemes, significaron también una oposición activa al Directorio.

Se había opuesto al de Córdoba, sobre todo porque teniendo allí su sede no podía ser controlada por los porteños, y también porque cada provincia estaba representada por dos diputados.

Tras largas discusiones por otros temas, no relacionados directamente con la Constitución, sorpresivamente el Congreso se vio apremiado por fijar una autoridad ejecutiva nacional que dictara la política exterior y militar necesaria, dada la situación de guerra.

[n 1]​ Por supuesto, el Congreso no tenía autoridad para elegir un presidente, y mucho menos antes de dictar una Constitución que estableciera sus atribuciones.

Pero se dedicó también a gobernar los asuntos que, hasta entonces, habían sido privativos de cada provincia.

En términos generales, estas medidas fueron interpretadas como "herejías" de un reformador casi protestante, especialmente en el interior del país.

[n 3]​ También anunciaba la tolerancia religiosa y suprimía los conventos, algo que hizo exasperar a la sociedad provincial.

En principio, los revolucionarios sanjuaninos habían creído contar con el apoyo del gobernador mendocino Bruno García, de tendencia federal.

Apenas reasumido el mando, Del Carril renunció y se trasladó a Buenos Aires, donde fue ministro de Rivadavia.

Figueroa encontró en su poder las cartas en que Gutiérrez le ordenaba desarmarlo, y las envió a la Legislatura provincial.

Por consejo del diputado catamarqueño al Congreso Nacional, Miguel Díaz de la Peña, este prefirió hacer las paces entre los dos comandantes.

En ese momento apareció en la provincia el coronel Gregorio Aráoz de Lamadrid, enviado por Rivadavia a reunir el contingente militar que debía participar en la guerra del Brasil.

Por esa época se sancionó la constitución unitaria, que daba al presidente la autoridad para dirigir la política sin consultar los intereses locales.

Desde noviembre del año anterior las fuerzas políticas empezaban a prepararse para un conflicto que parecía inevitable.

[2]​ El riojano era partidario de las ideas políticas unitarias pero rechazaba el liberalismo religioso del gobierno nacional.

Figueroa asumió el gobierno provincial mientras Lamadrid avanzaba rápidamente hacia el sur pero Quiroga se movió más rápido, y alcanzó a Lamadrid poco antes de que saliera de Tucumán, cuando dirigía un convoy con armas para Catamarca.

El propio Lamadrid, seriamente herido, fue dado por muerto, y Quiroga ocupó la capital de la provincia, abandonándola a los pocos días.

[12]​ Mientras tanto, en Tucumán, Lamadrid había salvado su vida, con su cuerpo lleno de heridas, y en unos meses se recuperó.

Bedoya tuvo que retirarse tras poco más de una semana y volvió a Salta.

Por su parte, en Catamarca, Gutiérrez volvió a ocupar el gobierno, y en Salta, el gobernador Arenales, hombre fuerte del unitarismo en el norte, fue acusado por sus opositores de pretender perpetuarse en el poder.

[10]​ Bedoya fue llamado por Arenales para ayudarlo contra los sublevados mientras que rápidamente los mercenarios apoyaron a Gorriti.

Tras una resistencia tenaz de varios días, todos los defensores fueron muertos, incluido el propio Bedoya.

[11]​ Ibarra intentó el mismo tipo de defensa pasiva que ya le había dado buenos resultados.

[16]​ Tras un pequeño encuentro en el combate de Palma Redonda, Lamadrid retrocedió hacia su provincia con 2.000 combatientes.

[22]​ Algunos legisladores, mal aconsejados, intentaron rechazar la exigencia, pero una carta amenazadora de Quiroga terminó por convencerlos.

Solamente a principios del año siguiente abandonó la provincia Quiroga, dejando en el gobierno al federal Nicolás Laguna.