Su padre convenció al rey Carlos IV de guardar las pinturas «obscenas» en un salón reservado y no quemarlas, como era la voluntad de Carlos III.
Bajo el reinado de Fernando VII se retomó, pero fue su esposa Isabel de Braganza quien dio mayor impulso a ello.
Al comenzar el Trienio liberal deja la dirección del Museo para, dos años más tarde, y como liberal convencido, ser nombrado por el Gobierno Mayordomo mayor y sumiller de Corps interino del Rey al objeto de tenerlo más vigilado.
Tras la muerte de Fernando VII, el marqués también colaboró a solucionar el conflicto suscitado en El Prado, pues las pinturas y la colección pasarían a sus hijas las infantas Isabel y Luisa Fernanda.
Los marqueses de Santa Cruz tuvieron nueve hijos:[5]