Promovido luego a teniente general (1706), desempeñó cargos en Extremadura; comandó las tropas reales en la batalla de Lagudina (1708) y tuvo acción decisiva en Villaviciosa (1710).
En Panamá desautorizó la tolerancia hacia los comerciantes ingleses y atacó a los piratas que merodeaban en las proximidades de las costas.
Poco después, prohibió que los barcos ingleses transportaran mercancías españolas.
Finalmente, reglamentó las condiciones para el embarque de la "plata piña" hacia España.
En defensa, asesorado por el marino Blas de Lezo, dispuso que, en Guayaquil, se acelerara la carena de los navíos "Capitana" y "Almiranta", al tiempo que hizo poner una nueva a quilla al navío de guerra San Fermín.
Antequera expulsó a los jesuitas del territorio guaraní en 1724, lo que provocó que el virrey encomendara su captura a una expedición militar comandada por el gobernador del Río de la Plata, Bruno Mauricio de Zabala.
Antequera huyó a Córdoba desde Tucumán, se refugió en un convento franciscano, y luego partió clandestinamente hacia Lima, en donde fue capturado en 1726.
A esos desórdenes se unieron insurrecciones indígenas en Azángaro, Carabaya, Cotabambas y Castrovirreina, que tuvieron como causa los abusos que cometían los corregidores en el sistema de repartos de mercancías.