Tuvieron buenas relaciones con el gobernador Juan Bautista Bustos, pero no se destacaron especialmente.En 1829 la provincia fue invadida por el general José María Paz, que derrocó y derrotó a Bustos.Pero Funes renunció a principios de agosto, y en su lugar fue elegido José Vicente Reinafé.El gobierno era ejercido por un equipo formado por los cuatro hermanos y el gobernador no hacía casi nada sin consultarlos.Su primer decreto revocó todas las medidas y leyes del gobierno de Paz, a quien consideraba un usurpador.Curiosamente, las medidas de gobierno más positivas fueron firmadas por su hermano José Antonio en los varios períodos en que suplantó al gobernador.Los hijos de Bustos y el coronel Juan Pablo Bulnes dirigieron una revolución, pero ésta fue rápidamente sofocada.La noticia corrió rápidamente, y el gobernador le echó la culpa al caudillo santiagueño Juan Felipe Ibarra, pero los sobrevivientes de la masacre denunciaron que el autor era Pérez.
Exhibición de los cadáveres de los hermanos Reinafé y de Pérez tras el fusilamiento
