Se incorporó muy joven al ejército español, en el que tuvo una brillante educación castrense.
Atacado de reuma, Facundo se instaló en Pergamino con sus pésimos recursos humanos, que Ruiz Huidobro adiestró y transformó en una verdadera división militar en unas pocas semanas.
Mientras Paz caía prisionero en Córdoba, y Lamadrid se retiraba a Tucumán, acompañó a su general hacia el norte, y dirigió una de las alas en la batalla de La Ciudadela, en que Quiroga derrotó al último ejército unitario.
Cuando Rosas dejó la gobernación bonaerense a Juan Ramón Balcarce, organizó enseguida una expedición al desierto.
El aristocrático Ruiz Huidobro marchaba en un gran carruaje, con su cocinero propio, libros y sirvientes.
El reino de Yanquetruz había terminado, y empezaría el del cacique Painé, aliado de los federales, pero Ruiz Huidobro no pudo avanzar más allá y retrocedió a Río Cuarto.
Al llegar a Río Cuarto tuvo un altercado con su subordinado Francisco Reinafé, que utilizó como excusa para "apoyar" una revolución que él mismo había armado contra el gobernador de Córdoba, hermano de aquel.
Fue imputado como chivo expiatorio, para defender a Quiroga, pero tras medio año de complicaciones judiciales fue sobreseído.