Cuando su esposa falleció en su natal Bayamo, tuvo que abandonar la lucha revolucionaria y regresar a hacerse cargo de sus hijos; pero allí, dirigió El Cubano Libre desde donde luchó desesperadamente por la abolición de la esclavitud y describió la penosa situación porque atravesaba Cuba.

[5]​ Su primera etapa de destierro la vivió en Jamaica, luego pasó a territorio estadounidense de donde salió rumbo a Suramérica, visitando entre otros países el Perú, terminando su itinerario en Guatemala, que sería su última escala hasta la muerte.

[5]​ En Centroamérica, Palma dejó memorables huellas de poeta, profesor, periodista y promotor cultural, ayudó a numerosos intelectuales y escribió la letra del Himno Nacional de Guatemala, obra por la cual recibió grandes homenajes; además, tuvo vínculos profundos con dos de los mejores poetas latinoamericanos de todos los tiempos: José Martí y Rubén Darío, el cubano precursor y el nicaragüense cumbre del Modernismo, primer gran movimiento literario surgido en América.

Pienso en la tierra de los grandes lagos Y te recuerdo a ti.

[5]​ Palma fue nombrado Ministro y Cónsul de Cuba en Guatemala, cargo que ocupó hasta su muerte.

Allí coincidió con el poeta Rubén Darío quien escribió el siguiente poema en su libro Azul dedicado a Palma: Ya de un corintio templo cincela una metopa,Ya de un morisco alcázar el capitel sutil;Ya, como Benvenuto, del oro de una copa Forma un joyel artístico, prodigio del buril.

La musa que al poeta sus cánticos inspiraNo lleva la vibrante trompeta de metal,Ni es la bacante loca que canta y que delira, En el amor fogosa, y en el placer triunfalElla al cantor ofrece la septicorde lira, A finales del siglo xix, entabló una estrecha amistad con el orador, escritor y político guatemalteco Rafael Spínola, cuando este era el director de La Ilustración Guatemalteca y posteriormente, ministro de Fomento del gobierno del licenciado Manuel Estrada Cabrera.

[8]​ En 1899, el escritor y diplomático mexicano Federico Gamboa estuvo en Guatemala como embajador interino de su país conoció y trató a Palma, quien le fue presentado por Spínola, a quien Gamboa había conocido cuando este estuvo exiliado en México durante el gobierno del general Manuel Lisandro Barillas Bercián.

La incertidumbre concluyó cuando Palma Lasso -ya en su lecho de muerte- rompió el silencio y afirmó ser el célebre «Anónimo»; no había firmado con su nombre por haber sido miembro del jurado calificador en 1896.

[5]​ La letra original del Himno de Guatemala era guerrerista, razón por la que fue modificada en 1934 por el gramático y escritor José María Bonilla Ruano[11]​.

He aquí la letra, tal y como la escribió José Joaquín Palma:[12]​[13]​ ¡Guatemala feliz...!

Hizo cánticos extraños; y después aquel poeta que se muere a los veinte años murió en él.

Ya es anciano; ya es anciano cuando empieza a destruir los áureos velos en su vida la razón y esa nieve que ha diez años le cubría la cabeza le ha bajado al corazón.

Hizo cánticos extraños; y poeta que se muere a los veinte años, que se muere a los veinte años en los hombres, por su mal aunque a tristes desengaños tuvo acaso una agonía, aunque acaso agonizaba cada día, cada día, siempre al otro renacía ¿cuántas veces no punzó tu mano el estro?

Y hoy anciano ¿se ha acaso para siempre desprendido de tu mano?

¿no te pasa lo que a mí que en mi lecho, enfermo, inerte, cuando todas las mañanas sonó el paso de la muerte[e]​ más poeta me sentí?

Estuvo presente en ese acto fúnebre Zoila América Ana Palma de Figueroa, hija del poeta.