Sus estudios musicales fueron aprendidos en la Antigua Escuela de Sustitutos, actualmente se llama Escuela Militar de Música "Maestro Rafael Álvarez Ovalle", llamada así en su honor, la cual se ubica en la 23 avenida final, 32-36 zona 5, Guatemala.
A los tres meses ya podía tocar la guitarra y el pícolo, y pasó a formar parte como integrante de la Banda Marcial, bajo la dirección del músico alemán Emilio Dressner.
[2] En 1887 se llamó a un concurso literario para seleccionar la mejor composición que serviría como himno nacional de Guatemala.
Nuevamente la partitura escogida fue la de Rafael Álvarez Ovalle; en cambio se eligió la poesía del autor Anónimo.
Organizó diversos conjuntos musicales, entre otros, las estudiantinas La Broma y La Tuna, para difundir la música guatemalteca.
Rafael Álvarez Ovalle escribió himnos, valses, mazurcas, sones guatemaltecos y otras obras de carácter religioso.