Gobernó como margrave de Brandeburgo-Ansbach entre 1603 y 1625, sucediendo a su primo, Jorge Federico, y fue sucedido por su hijo, Federico III.

Su predecesor, Jorge Federico, había establecido la sucesión de sus dos posesiones franconas (Brandeburgo-Ansbach y Brandeburgo-Kulmbach) en el Tratado familiar de Gera en 1598.

De acuerdo a lo provisto en este tratado, el margrave Joaquín Ernesto gobernaba en Brandeburgo-Ansbach y su hermano, Cristián, gobernaría en la vecina Brandeburgo-Kulmbach (Cristián más tarde trasladó su capital a Bayreuth, de aquí el cambio de nombre a Brandeburgo-Bayreuth).

En los conflictos religiosos de principios del siglo XVII, Joaquín Ernesto tendió a estar en el campo protestante-calvinista y también dio apoyo a la lucha holandesa por la independencia.

La Unión, sin embargo, fue disuelta otra vez en 1621, después del estallido de la guerra de los Treinta Años, en vista de la superioridad militar del campo imperial.