En 1529, estando Cortés en España, firmó un convenio con la Corona española por la cual se obligaba a enviar por su cuenta «armadas para descubrir islas y territorios en la Mar del Sur» (océano Pacífico).
En el mencionado convenio se estipulaba que de las tierras y ganancias que se obtuvieran, una décima parte corresponderían al descubridor en propiedad perpetua, para sí y sus descendientes.
Envió Cortés con tal fin la primera flota exploradora en 1532, rumbo al norte de la Mar del Sur, la expedición estaba compuesta por dos buques, el San Miguel y el San Marcos, al mando de su primo Diego Hurtado de Mendoza quien comandaba la pequeña expedición a bordo del San Marcos en tanto el capitán del San Miguel era el capitán Juan de Mazuela.
No encontraron seres humanos ni trazas de que hayan estado alguna vez habitadas las islas.
Más pronto que tarde las islas fueron vendidas en 1879 a un vecino de Tepic, Nayarit por 45 mil pesos.
Las salidas turísticas son un fin de semana y únicamente vía marítima.
La Isla María Madre está organizada en campamentos, los cuales se distribuyen en todo el territorio: Las actividades realizadas en cada uno de estos centros poblacionales era diversa.
Está formado por varias "jefaturas": Puerto Balleto, Bellavista, Unidad Habitacional Miguel Hidalgo, Primero de Mayo.
María Magdalena es la segunda isla más grande del archipiélago de las Marías, la isla no está habitada y se mantiene prístina con una numerosa flora y fauna endémica, se mantiene resguardada por el ejército nacional.
Quien ocupa este cargo gobierna todo el archipiélago desde Puerto Balleto.
San Juanito es la isla más pequeña del archipiélago de las Marías.
Tampoco está habitada y tiene una topografía poco accidentada comparada con el resto de las islas.
En las islas se encuentran varias especies endémicas y otras de singular interés, que muestran que en un pasado remoto debió existir un puente de tierra con el continente.
Entre las especies introducidas al archipiélago se encuentran las cabras, gatos, rata negra, caballos, vacas, borregos, gallos, palomas asiática doméstica y paloma turca de collar, y gorrión doméstico.
Luego tratan de reformarse y tiran una pistola en símbolo de la vida pasada que rompe una ventana y el policía (Carlos Villagrán) se los lleva detenidos a las islas.