En un tiempo fueron enviados allí los peores criminales, posteriormente fueron los presos no afines al gobierno o que habían luchado en contra del estado.
Durante muchos años estuvo administrado por la Secretaría de Gobernación, es decir, desde sus inicios en 1905 hasta 2012.
El general de brigada, quien fuera director gobernador Rafael M. Pedrajo, construyó durante su gestión el hospital, las escuelas, el almacén, la biblioteca, el muelle etc.
Además ordenó que el penal se transformara en una cárcel sin rejas.
Convertido en Complejo Penitenciario Islas Marías albergaba[1] cinco Centros Federales de Readaptación Social:[2]