[1]​[2]​ Se rumorea que Fernández fue el modelo para crear la estatuilla de los Oscar, pero no está confirmado.

El mismo Adolfo de la Huerta le animó: «México no quiere ni necesita más revoluciones, Emilio.

En 1943 es contactado por los estudios cinematográficos Films Mundiales, para quienes dirigió la película Flor silvestre, en la que Dolores del Río debutó en el cine mexicano.

Con esta cinta, ganó el premio a la mejor fotografía, y una mención por su contribución a la mejor película para progresar en el Festival de Cine de Venecia (1947).

También fue galardonado por la Hollywood Foreign Press Association y recibió un premio a la mejor fotografía en el Festival de Madrid.

Eventualmente, ella me pediría que yo la dirigiera en su primera película en México.

[6]​ Conoció en Cuba a la que sería su primera compañera sentimental, la actriz y bailarina cubana Gladys Fernández, producto de su romance nace su primera hija en Ciudad de México en 1942, Adela Fernández y Fernández quien prácticamente recién nacida fue abandonada por su madre, la cual regresó a Cuba; para ser criada por su padre hasta su adolescencia.

[8]​ La cantante costarricensemexicana Chavela Vargas, describió a Fernández como un hombre «odioso», «detestable» y un «padre maltratador».

Se encontraban en la casa del cineasta, quien en estado de ebriedad, abrió una ventana y con una pistola en mano comenzó a dispararle a unos patos que estaban en un estanque de la vivienda.

[12]​[13]​ Permaneciendo con ella por varios años, cerca de 1953 procrearon a Jacaranda Fernández Domínguez, su única hija juntos.

La policía clasificó su muerte como un suicidio, pero su madre nunca aceptó esta versión, asegurando que su hija en realidad había sido asesinada.

[12]​[17]​ Su relación con Adela Fernández y Fernández, su hija mayor, terminó cuando la joven era adolescente y le confesó que era lesbiana, hecho que a Emilio le impactó.