De regreso a Salta, ingresó en la legislatura y fue docente en el Colegio Nacional.
Apoyó públicamente la posición peruana en la misma y, en este carácter, conoció a un voluntario argentino en esa guerra, el joven abogado porteño Roque Sáenz Peña.
Cuando éste fue tomado prisionero por las fuerzas chilenas, intercedió por él, logrando meses más tarde su libertad.
También asesoró al enviado del gobierno argentino en Lima, que medió en la finalización de la guerra.
Junto a José Manuel Estrada, Pedro Goyena y Emilio Lamarca, fundó la Unión Católica, cuya acción política enfrentaba al dominante anticlericalismo gubernamental.
El expresidente Carlos Pellegrini, testigo del mismo, contradijo las afirmaciones de Gómez, iniciando un largo y áspero debate en los periódicos.
Su único y gran objetivo es la reforma electoral, a la que gustaba llamar "revolución por los comicios".
Quienes se beneficiaban del sistema vigente apelaron a toda clase de argumentos para conservar sus privilegios.
Se llegó a decir que los votos comprados – pagados por sicarios del gobierno para votar los candidatos del mismo – eran “los más libres de todos”, ya que se regían por la oferta y la demanda.
Esta última expresión llevó al presidente a pronunciar su frase más conocida: El principal defensor de la postura del gobierno en toda la discusión fue el ministro, que presenció prácticamente todas las sesiones del debate en ambas cámaras, y defendió el proyecto a lo largo de muchas jornadas en pleno recinto, trenzándose en acaloradas discusiones con los diputados y senadores.
Se llegó a hablar de una fórmula presidencial Indalecio Gómez – Ramón J. Cárcano.
En definitiva, las elecciones serían ganadas por el candidato de la Unión Cívica Radical, Hipólito Yrigoyen, iniciándose así —gracias a la Ley Sáenz Peña— un cambio político de un alcance mucho mayor al que habían imaginado sus defensores y detractores.