[3][4] Con el paso del tiempo el templo fue modificando su morfología y uso, dejando atrás su origen monasterial para reconvertirse en centro religioso, cultural y social del valle.
Actualmente, las tumbas halladas, algunas de la etapa visigoda, se encuentran totalmente documentadas y los restos humanos encontrados fueron analizados por el Médico forense y antropólogo Francisco Etxeberría Gabilondo.
En 2015, el doctor en arqueología Enrique Gutiérrez Cuenca en su tesis doctoral sobre Génesis y evolución del cementerio medieval en Cantabria, escribe lo siguiente:[4] En el año 2008 se llevaron a cabo trabajos de rehabilitación que se ejecutaron en dos fases.
[8] El conjunto está construido en piedra de mampostería con sillares en los esquinales, contrafuertes, vanos, torre-campanario y fachada principal.
Si bien se aprecia algún elemento arquitectónico no habitual en la fábrica de este taller.
[11] En el exterior, en la fachada oeste, podemos ver el monumento a D. Mariano Gómez, párroco arcipreste de Cabuérniga que llegó a ser rector del Seminario de Santander.
Entre otras obras pictóricas hay un retrato al óleo del cardenal José María Cos y Macho realizado en 1912 atribuido al artista vallisoletano Pablo Puchol.
A los pies de la nave central se levanta un coro de grandes dimensiones, construido íntegramente en madera, donde se ubica un singular órgano barroco.