Durante este último conflicto estuvo al mando de las tropas estacionadas en el Lejano Oriente ruso, hasta 1943 cuando fue enviado a combatir en el frente occidental contra los alemanes.Pasó toda la guerra en el teatro de operaciones del Cáucaso.Finalmente, Budionni, fue capaz de restablecer la disciplina en la división y los instigadores fueron fusilados.Sin embargo, Apanasenko y otros oficiales fueron destituidos de sus puestos por no haber hecho los esfuerzos necesarios para mantener la disciplina.[1] En 1923 Apanasenko, se graduó en los cursos académicos superiores del Ejército Rojo, en 1928 en los Cursos de formación avanzada para el personal de mando superior en la Academia Militar Frunze y en 1932, completó su educación al graduarse en la Academia Militar Frunzé.[4] En septiembre u octubre, el espía soviético Richard Sorge, informó a Stalin que los japoneses habían decido no atacar a la Unión Soviética y se preparaban para librar una guerra en el Pacífico contra Estados Unidos.[3] Posteriormente, sus cenizas, fueron enterradas nuevamente en presencia de sus familiares y amigos en Stávropol.[1] A lo largo de su carrera militar, Iósif Apanasenko recibió las siguientes condecoraciones[6]
