Los enfrentamientos más intensos tuvieron lugar desde 1918 hasta 1920, pero la resistencia continuó en algunas zonas del país hasta 1922: podemos citar el levantamiento de Kronstadt, los majnovistas, la rebelión de Tambov y la resistencia final del Movimiento Blanco en el este.

Lenin fue sorprendido por el estallido de la guerra civil y, en principio, subestimó las fuerzas que se levantaban en contra del nuevo Estado.

Allí, los bolcheviques alistaron a la población local y la milicia de voluntarios encontró nuevos reclutas.

Tras una reorganización de su Ejército Popular, Kolchak, con sus fuerzas, irrumpió en Perm y expandió su control sobre territorio soviético.

Otro izquierdista del Partido Social-Revolucionario capturó a prominentes bolcheviques e intentó levantar al Ejército Rojo contra el régimen.

Hubo arrestos masivos en el ala izquierda del Partido Socialista Revolucionario, y los dos actos terroristas que tuvieron lugar más tarde, entre ellos el ataque a Lenin, que lo dejó herido, derivaron en la expulsión de los mencheviques y los afiliados del Partido Socialista Revolucionario de los sóviets.

Más al llegar ahí tras un mes de viaje, los cosacos locales se negaron a ayudarles.

Kornílov, desesperado, lanzó una contraofensiva, perdiendo la vida el 13 de abril al asaltar Ekaterinodar (Yekaterinodar).

Tras una entrevista entre las autoridades cosacas y el general Alekséi Kaledín (1861-1918) la Rada no se sintió identificada con las ideas revolucionarias.

Los mongoles se vieron involucrados en la guerra cuando se proclamaron autónomos después que la Revolución de Xinhai pusiera fin a la dinastía Qing en 1911 e iniciara un periodo de inestabilidad política en la vecina China, país que hasta entonces había dominado Mongolia por varios siglos.

Entre sus principales objetivos estaba unificar la Mongolia Exterior con la Interior, algo que fue rechazado por el gobierno chino, ya que esta última tenía una numerosa población de la etnia han, colonos enviados durante el siglo XIX a la zona, aunque si le fue reconocida cierta autonomía en 1915.

Por otra parte, el general ruso Grigori Semiónov (1890-1946) y su subordinado, el barón Roman Ungern von Sternberg (1885-1921), dominaban la región del lago Baikal enfrentándose con éxito a los bolcheviques, pero sin someterse a la autoridad de los blancos, siendo ambos, además, muy crueles con la población local.

Actuando como un caudillo o señor de la guerra en octubre cruzó el Onon e intento tomar Hüree.

Fue rechazado, pero al mes siguiente, por medio de una treta, consiguió que los chinos la abandonaran sin pelear.

Por ejemplo, en julio se produjo una matanza de exiliados rusos en Uliastai, mientras que las tropas antiblocheviques refugiadas en la Mongolia occidental serían exterminadas.

En cuanto al Kan, se le permitió reinar en una monarquía constitucional dirigida por los primeros ministros salidos del Partido Revolucionario del Pueblo Mongol (PRPM), una mezcla de nacionalistas y socialistas unidos por el odio al barón.

[37]​ Las ciudades principales, Chitá y Verjneúdinsk, quedaron sometidas a autoridades leales al Gobierno Provisional Ruso, cooperando con los sóviets locales se mantuvieron aparte del conflicto.

Los socialrevolucionarios temían que la guerra civil finalmente se hiciera presente en la provincia y decidieron ganarse a los bolcheviques combatiendo al atamán.

[43]​ Debido a esto mismo, los chinos aceptaron terminar su ofensiva en la frontera pero teniendo ya el control del ferrocarril transmanchuriano.

La ciudad fue tomada y saqueada, estimándose en catorce mil los civiles asesinados en el pogrom posterior (febrero de 1918).

[74]​ Hábilmente los soviéticos buscaron dividir a las guerrillas, muy autónomas entre sí, granjeándose el apoyo de sectores más moderados, ofreciendo integrarlos al Ejército Rojo.

Los sobrevivientes aun sumaban cinco o seis millares de rebeldes, número que pronto cayó a dos mil.

Sin embargo, el Emir fundó sus propias guerrillas basmachíes al mando del líder tribal Ibrahím Bay, formadas por turcomanos, tayikos y kazakos.

Marcada por su fuerte carácter anarquista, fue protagonizada por campesinos y ciudadanos locales a los que se les sumaron los marineros de la Flota Soviética del Báltico ahí anclada.

[93]​ Algunos estiman que 10 000 a 18 000 rebeldes y civiles fueron asesinados, incluyendo muchos tomados como rehenes por los soviéticos.

[94]​ De los que fueron capturados vivos, hasta 15 000 terminaron haciendo trabajos forzados en Solovkí, en las islas Solovetsky del mar Blanco.

[95]​ Estos últimos fueron los más afortunados aunque significaran un grave problema de refugiados para la recién independizada república.

Sin embargo, en julio tropas bolcheviques venidas de Irkutsk pusieron fin al movimiento separatista.

Mientras el atamán Semiónov era abandonado a su suerte por los asiáticos en julio que firmaron una tregua con los soviéticos, en consecuencia era derrotado y Transbaikalia ocupada por los comunistas en noviembre.

[cita requerida] Al final de la Guerra civil, la Rusia Soviética se encontraba exhausta y arruinada.