Hasta el siglo XVI Sudán del Sur estaba en su mayor parte habitado por pueblos de lenguajes centro-sudaneses.
Las evidencias señalan que con el tiempo pueblos nilóticos como los dinka, shilluk y luo conquistaron el territorio.
Estos factores pueden explicar los motivos por los que los pueblos nilóticos llegaron a dominar el territorio.
[3] Los shilluk consiguieron controlar la ribera occidental del río hacia el norte hasta Kosti en Sudán.
Los shilluk podían realizar incursiones rápidas en territorio enemigo mediante sus canoas y controlaban el tráfico fluvial en el Nilo.
En el siglo XVIII los Avungara invadieron el territorio de los azande y rápidamente les impusieron su autoridad.
Los dinka permanecieron aislados en los pantanos del Sudd, que los protegían de invasiones extranjeras sin necesitar un gran ejército.
En el año 1821 el sultanato de Sennar al norte se colapsó frente a la invasión del Egipto otomano.
Tras consolidar su dominio sobre el norte de Sudán, las fuerzas egipcias comenzaron a internarse en el sur.
Aunque el territorio había sido reclamado en nombre de Egipto, los egipcios no tenían una autoridad real sobre el mismo.
Los misioneros cristianos también se establecieron en la región, influenciada por el Vicariado Apostólico Católico de África Central.
Sin embargo, hasta finales del siglo XIX el cristianismo no tendría un impacto importante en las culturas locales.
En el este Muhammad Ahmad al-Aqqad controlaba un gran territorio, pero el más poderoso de estos mercaderes enriquecidos era Al-Zubayr Rahma Mansur, que pasó a controlar Bar el Gazal y otros territorios del sur de Sudán.
Al-Zubayr era un mercader originario de Jartum, que contrató su propio ejército privado y se dirigió hacia el sur.
En los siglos anteriores los mercaderes sudaneses no habían impuesto un precio elevado al marfil, pero desde mediados del siglo XIX comenzó un incremento progresivo en la demanda mundial a medida que los occidentales de Europa y América comenzaban a adquirir pianos y mesas de billar.
Ismail contrató al explorador británico Samuel Baker en 1869 para que gobernara el territorio, y le proporcionó soldados y una generosa paga, pero Baker fue incapaz de extender la influencia de Egipto sobre el territorio.
Sin embargo, Gordon no consiguió imponer su autoridad sobre ningún territorio, más allá de los pocos fuertes que controlaba.
Entre los asentamientos más importantes de Equatoria se encuentran Lado, Gondokoro, Dufile y Wadelai.
En 1983 el presidente de Sudán Gaafar Nimeiry declaró que todo Sudán se convertía en un estado islámico bajo el imperio de la Sharia, incluyendo a la mayoría no musulmana del territorio del sur.
Este acuerdo duró hasta el año 2011, momento en que Sudán del Sur declaró la independencia.
Al menos un soldado de Sudán del Sur murió y dos resultaron heridos en el ataque.
El vicepresidente Riek Machar describió qué acuerdos se firmaron, pero lamentó la falta de una resolución sobre Abyei.
Machar negó haber intentado iniciar un golpe y huyó, pidiendo la renuncia de Kiir.
En el plano internacional, se desplegaron tropas ugandesas para luchar del lado de los Kiir.
Las luchas internas entre grupos rebeldes se han convertido en una parte importante del conflicto.
La rivalidad entre las facciones dinka encabezadas por el presidente y Malong Awan, también ha dado lugar a enfrentamientos.
Actualmente en Sudán del Sur se encuentran en guerra al menos siete grupos armados.