Antes de la segunda guerra civil sudanesa los shilluk también habitaban varios asentamientos en la ribera norte del río Sobat, cerca de la confluencia del Sobat con el Nilo, siendo Dolieb Hill una importante misión cristiana.

Históricamente los shilluk han sido gobernados por un rey reth que se consideraba era descendiente del linaje divino del héroe Nyikang, y cuya salud se creía que afectaba a todo su pueblo.

Históricamente en el sur de Sudán existió un territorio considerado como Reino shilluk durante casi cuatrocientos años (1490 - 1865).

La mayoría de los shilluk se han convertido al cristianismo, aunque algunos todavía conservan su religión tradicional o una mezcla de ambas; algunos se han convertido al Islam.

Históricamente la Iglesia católica se extendió en la ribera occidental del Nilo y creó misiones en Lul, Detwoc, Tonga y Yoynyang, mientras que la American Inland Mission creó una misión en Dolieb Hill, al sur de Malakal en la ribera oriental de Nilo.