Su importancia residía en el hecho de que se encontraba a pocos kilómetros del límite de navegabilidad del Nilo desde Jartum aguas arriba.

Desde este punto, el viaje hacia el sur hasta Uganda continuó por tierra.

El misionero católico austriaco Ignatius Knoblecher estableció una misión allí en 1852.

[3] Un pasaje de The White Nile de Alan Moorehead (p. 61) lo describe así: "El deportista Samuel Baker y su esposa habían subido por el Nilo para buscarlos, y había otros también que habían venido a Gondokoro en la misma misión, tres damas holandesas, la baronesa van Capellan y la señora y la señorita Tinne, pero se vieron obligados a regresar a Jartum por enfermedad... 'Speke', dice Baker, 'parecía el más agotado de los dos: estaba excesivamente flaco, pero estaba realmente en buenas condiciones: había caminado todo el camino desde Zanzíbar, sin haber cabalgado nunca durante esa extenuante marcha.

Theodore Roosevelt pasó por Gondokoro en la expedición africana Smithsonian-Roosevelt con su hijo, Kermit Roosevelt, Edgar Alexander Mearns, Edmund Heller y John Alden Loring.