Thabo Mbeki reorientó el CNA al centro y criticó abiertamente a sus aliados de la Alianza Tripartita (CNA, Cosatu, Partido Comunista), a los que había calificado de "ultraizquierdistas".

[3]​ Ante las críticas incluyó en el equipo del ministerio, en su segundo mandato, a figuras reconocidas contra el SIDA, como Nozizwe Madlala-Routledge.

Sin embargo solo la mantuvo tres años en el cargo, cesándola tras defender su postura a favor de los métodos científicamente probados en el extranjero y oponiéndose así a Tshabalala-Msimang.

Zuma había sido destituido como Vicepresidente en 2005 tras ser procesado un asesor financiero de su departamento.

Mbeki negó las acusaciones y las calificó de insultos, sin respaldo en hechos probados.

[6]​ Thabo Mbeki es muy crítico con las operaciones militares de los países occidentales contra Libia en 2011: "Pensábamos que por fin habíamos puesto fin a quinientos años de esclavitud, imperialismo, colonialismo y neocolonialismo (...).