Fue educado en la escuela Fullands, en Taunton, Somerset, y en la Real Academia Militar de Woolwich.

Fue comisionado en 1852 como teniente segundo del Cuerpo de Ingenieros Reales, completando su formación en Chatham.

A Gordon se le asignó primero la construcción de fortificaciones en Milford Haven, Pembrokeshire, Gales.

Dimitió en 1879 a la vista de las dificultades con el nuevo Jedive Tewfik Pachá.

Charles Gordon tenía un carácter religioso y místico; se exaltó en esta misión.

Al año siguiente, en 1885, los derviches tomaron la ciudad y Gordon fue decapitado.

Gordon fue encarnado por el actor Charlton Heston en el filme Khartoum (Basil Dearden, 1966).