Tuvo dos hermanas:[1] Su padre sería encargado por Enrique IV de la guarda de los infantes don Alfonso y doña Isabel (futura Isabel I de Castilla).
[2][3]Hacia esta última fecha también era corregidor de Andújar.
Participó en la tala de la Vega de Granada (1486)[5] y la toma de Álora (1484)[6], Vélez-Málaga (1487)[7], Baza (1489)[8][9] Tras el éxito de esta campaña sería nombrado alcaide del castillo de Píñar (Granada), siéndole concedidas distintas propiedades en ese lugar.
[11] Es confundido frecuentemente con su homónimo sobrino, Francisco de Bobadilla, conquistador en Indias.
[11][13] Fruto de este matrimonio tuvieron al menos cinco hijos: