En la historiografía se ha confundido a su padre con su sobrino segundo Francisco de Bobadilla, quien pasó a la historia por haber apresado al almirante Cristóbal Colón.
En 1514 pasó con su esposo, recientemente nombrado gobernador y capitán general de Castillo de Oro, a la región del Darién, no habiendo querido quedarse esperándole en Castilla, para lo que pidió permiso del rey Fernando el Católico.
Isabel permaneció junto a su marido en Santa María la Antigua del Darién hasta que en 1520 regresó a Castilla.
Isabel se casó con el segoviano Pedro Arias Dávila en 1498 en Alcalá de Henares.
El matrimonio tuvo una descendencia de nueve hijos: