Su misión sería conquistar, situarse, y «pacificar» los territorios desconocidos.

Tras ese nombramiento Isabel y Hernando se trasladaron a Cuba.

En las Navidades de aquel año ya se encontraba reunida en La Habana toda la familia.

Más tarde, y al mismo tiempo que se construía la fortaleza, edificó Isabel una casa (en la que aún residía en marzo de 1544, un año y nueve meses después de fallecido su marido, y cuando se preparaba ella para regresar a España).

"...y de esos 300,000 maravedís de renta anual, se hagan dos partes, la una para que su mujer la goce por todo el tiempo de su vida, y la otra para dotar cada año a tres doncellas huérfanas y pobres, hijasdalgos, lo que dará cumplimiento su esposa a quien ella nombrase".