Tras años como sucursal del equipo bilbaíno y/o filial finalmente terminó por desvincularse para pasar a ser una entidad propia, conocida desde entonces como Club Atlético de Madrid.
[7] Así pues, si bien es cierto que siempre hubo equipos inferiores en el seno del club, no fue hasta avanzada la segunda mitad de siglo XX cuando se regularizó su formación con la instauración de las categorías y complejo por el entonces presidente Félix Oráa.
Según palabras de los máximos dirigentes del club:[9][10] Dicha filosofía está vigente al menos desde los años cincuenta,[11] y ha estado en numerosas ocasiones suscitada de polémica debido a la laxitud o modificaciones que ha ido amparando para dar cabida a nuevos futbolistas.
[17] Entre los grandes nombres que salieron de la fructífera cantera, destacan algunos nombres como los de los entrenadores Javier Clemente, Koldo Agirre o Iñaki Sáez, o los futbolistas José Ramón Alexanco, los hermanos Julio y Patxi Salinas, Rafael Alkorta, Genar Andrinua, Andoni Goikoetxea, Julen Guerrero, Fran Yeste, Aritz Aduriz, Andoni Iraola, o el campeón mundialista Fernando Llorente, entre otros.
No fue hasta 1964, cuando el Athletic se vio con la necesidad de crear un equipo filial donde poder foguear a sus jugadores.
En esta categoría, el Bilbao Athletic, forma jugadores para su incorporación al primer equipo, pero también se convierte en cantera de entrenadores, como Javier Clemente, Ernesto Valverde y José Luis Mendilibar.
En años posteriores el filial se mantuvo en segunda división (a excepción de la temporada 1987-88, en la que descendió para regresar al año siguiente) aportando al primer equipo jóvenes promesas como Ander Garitano, Julen Guerrero, Aitor Larrazabal, Óscar Vales, etc.
El Bilbao Athletic ha aportado muchos jugadores al primer equipo que posteriormente han llegado a consolidarse en Primera División.