[1] Empezó en las categorías inferiores del Athletic Club con once años, llegando a estar varias temporadas en el Bilbao Athletic antes de su llegada al primer equipo.
[1] Durante varios años fue un objetivo de Johan Cruyff que le quiso fichar para el FC Barcelona, especialmente durante el verano de 1993, aunque nunca se llegó a materializar el traspaso.
[2][3][4] Finalmente el club vasco traspasó a Rafael Alkorta al Real Madrid, por lo que Garitano permaneció en el equipo bilbaíno.
[8] Siete meses después de su dimisión como entrenador de la primera plantilla del Real Zaragoza, Garitano regresó al club aragonés, haciéndose cargo del Juvenil A.
[11] En verano de 2013, Garitano se desvinculó del club aragonés.