Debutó en Primera División con el Athletic Club en 1975 y fue internacional en 39 partidos con la selección española.

El periódico británico The Times, en un artículo, lo consideró como el jugador más duro de la historia del fútbol, por lesionar a Maradona.

Por estos hechos, se le llegó a catalogar como «el carnicero de Bilbao».

[8]​ Goikoetxea marcó un total de cuatro goles con la selección en los cinco años que fue internacional.

Acudió a la Eurocopa de 1984, donde participó en los tres primeros partidos del torneo como titular.

Disputó cuatro encuentros contra Brasil, Irlanda del Norte, Argelia y Dinamarca.

Desde 1996 hasta 2001 entrenó a varios equipos (Salamanca,[9]​ Compostela, Numancia,[10]​ Racing de Santander[11]​ y Rayo Vallecano).

[18]​ Logró clasificar al combinado ecuatoguineano para la Copa África, pero no llegó a dirigir al equipo en dicho torneo, puesto que no renovó su contrato, que venció el 31 de diciembre de 2014.