Al año siguiente, construyó su primer avión, trabajando con base en planos sistemáticos diseñados por el francés Henri Farman, con el que tuvo un grave accidente al estrellarse e incendiarse el aparato en cuestión, lo que le conllevó graves secuelas físicas para el resto de su vida.
En seguida ganó un empleo en la Luft-Verkehrs- Gesellschaft LVG, constructora del avión de Farman.
Con la experiencia adquirida, decide enfocarse en 1923 a crear la compañía que haría historia en la Aviación: Ernst Heinkel Flugzeugwerke AG, ubicada en Warnemünde (en el actual estado federado Mecklemburgo-Pomerania Occidental).
En Alemania, instaló una catapulta en la cubierta del buque alemán Ostmark matriculado en Bremen (en realidad una gabarra o barcaza) para aviones Dornier Do 18 de servicio postal.
A pesar de la opinión del general Adolf Galland, a quien no le gustó el nuevo avión y sugirió desarrollar en mayor medida el caza ya probado Messerschmitt Me 262, este revolucionario caza se diseñó, desarrolló y entró en producción en tres meses, una cifra de tiempo impensable en otro proyecto de su tiempo o el nuestro, al considerar que el Reich estaba siendo pulverizado por los bombardeos aliados.
Su autobiografía, Stürmisches Leben fue publicada en 1956 y traducida al inglés como He1000 en su edición británica y Vida tempestuosa: Las memorias de un pionero del aire de la vieja era en su edición estadounidense.