Se cree que cursó sus estudios primarios entre los años 1529 y 1541 en el convento franciscano de Cifuentes.

En 1549 parte con Nicolás de Albalate y cinco franciscanos más hacia el Mayab, en las recién descubiertas tierras de México, donde conquistadores y colonos, conforme concluían las guerras con los pueblos nativos, requerían misioneros para cristianizar a los indígenas.

Luis de Villalpando, considerado el proto-lingüista maya,[8]​ le ayudó en esa labor.

Landa se convirtió en un verdadero maestro del idioma maya, posibilitando así, con el permiso de sus superiores, que se dedicara a recorrer las poblaciones indígenas de la península yucateca, para darles a conocer la religión católica.

Con el nombre del Misionero de la Cruz se conocía a Landa en la provincia.

En 1551 fue convocado a la celebración del segundo Capítulo en el convento mayor de Mérida.

En este convento se dedicó con gran intensidad a la actividad misional, dando testimonio con su vida de oración, penitencia y sacrificios.

Se le encargó reedificar ese convento que, por entonces, solo estaba constituido por unas chozas de paja donde moraban los religiosos.

Durante su estancia en Izamal se produjo en ese tiempo una gran carestía de maíz por la pérdida de las cosechas y, en consecuencia, se generalizó el hambre por toda la región, que afectó a los naturales y a los españoles.

Esta nueva situación supuso la convocatoriqa Mérida del primer Capítulo Provincial para septiembre de 1561.

Las autoridades provinciales, tanto civiles como religiosas, temían que hubiera otra sublevación.

[13]​ La investigación se llevó a cabo activamente y los resultados no se hicieron esperar, aunque los métodos empleados por los frailes para obtener las confesiones despertaron una creciente hostilidad entre los indios, a pesar de ser los propios de la época.

Landa mando detener a los gobernantes de Pencuyut, Tekit, Tikunché, Hunacté, Maní, Tekax, Oxkutzcab y otros lugares, entre ellos a Francisco Montejo Xiu, Diego Uz, Francisco Pacab, y Juan Pech, quienes fueron escarmentados.

Además de los ya mencionados retuvo como rehenes a 127 mujeres y varios hombres, los cuales tuvieron que pagar 45 nueces cada uno por su libertad.

Durante el auto de fe se destruyeron numerosos códices y pictografías prehispánicos referentes a la cultura maya.

El estudioso Sylvanus G. Morley plantea que Landa destruyó 191 ídolos, 27 códices y 14 templos.

[18]​ Esta actuación hizo crecer los sentimientos antiespañoles entre los indígenas, razón por la cual los colonos protestaron al gobierno de España.

El evento tuvo otras repercusiones internas, además realmente no se evitó el paganismo y la herejía, pues los indígenas comenzaron a sincretizar sus creencias porque los mayas idearon sus propios medios para preservar sus cultos ancestrales.

En cambio, el obispo Toral, conmovido por los crueles castigos infligidos a los indios, creía que estos eran demasiado neófitos como para someterlos a tales suplicios y que tan excesivo rigor podía, además, acabar destruyendo su precaria cristianización y echando por tierra los objetivos de la evangelización.

Sin embargo, alguno de los presuntos sacrificados, como el encomendero Dasbatés, fueron encontrados vivos.

Se informaba de las tradiciones y costumbres locales para cristianizar a la población e introducir las costumbres españolas[28]​ Para Landa y los frailes franciscanos en las inscripciones literarias mayas se pueden apreciar “prácticas diabólicas”.

Ya sea que la "magia" e "idolatría" fuesen practicadas o no, Landa "estaba convencido[31]​" de la existencia del poder "demoníaco" en Yucatán.

Landa creía en el milenarismo,[32]​ y deseaba la conversión de las gentes a la religión cristiana.

Va acompañado por treinta franciscanos que había solicitado al Rey para cubrir las necesidades de su obispado.

[38]​ Sus restos desaparecieron durante la guerra civil española, en 1936, cuando fue vandalizada la iglesia de San Salvador por elementos del Frente Popular.

[44]​ La Inquisición, presidida por Landa en esa región, procedió a aplicar medidas para extirpar la idolatría maya como fueron los interrogatorios, los castigos, la prisión, la tortura (por ejemplo, la garrucha),[1]​[2]​ y hasta las ejecuciones de algunos.

[47]​ Toral consideraba que los métodos evangelizadores de Landa no eran los adecuados para cristianizar a los indios.

[51]​ Se cree que los mayas utilizaban los cenotes como lugar de sacrificios humanos.

[52]​ Por eso, se encuentran hasta el día de hoy restos humanos en estas formaciones naturales.

Sin embargo, los escritos realizados por ellos carecían de enfoque científico que se ha dado a la historia en siglos posteriores.