Comenzó sus investigaciones sobre los jeroglíficos mayas cuando tenía 12 años, y desde muy joven trabajó conjuntamente con la epigrafista Linda Schele.
Es el beneficiario más joven en toda la historia de esta prestación.
Stuart ha conducido investigaciones en diferentes campos en varios yacimientos arqueológicos en México, Guatemala y Honduras, enfocado principalmente a la documentación de la escultura maya y sus inscripciones.
Su más reciente libro es Palenque: Eternal city of the Maya (Palenque: La Eterna Ciudad de los mayas, (Thames and Hudson), en co-autoría con su padre.
Stuart es director del Centro Mesoamérica en la Universidad de Texas, en Austin, el cual promueve estudios multi-disciplinarios sobre el arte y cultura americana.