En 1999, fue invitado por Alejandro Toledo para integrar la plancha presidencial de Perú Posible, como candidato a la segunda vicepresidencia en las elecciones generales del año 2000.
En las mismas elecciones, Waisman también postuló al Congreso de la República por Perú Posible y obtuvo éxito con 41,125 votos para el periodo parlamentario 2000-2005.
Esta comisión fue importante para indagar la red de corrupción instalada en dicho gobierno dictatorial.
[4] En las elecciones presidenciales del 2001, David Waisman integró nuevamente la plancha presidencial de Alejandro Toledo por Perú Posible y compitieron junto al expresidente Alan García del Partido Aprista Peruano.
Sin embargo, decidieron proponer como candidata a la empresaria Jeanette Enmanuel y también al exsenador Rafael Belaúnde Aubry.
[8] En las elecciones del 2011, Waisman postuló a su tercera reelección por la Alianza Solidaridad Nacional,[9] sin embargo, no resultó reelegido.