El estudio científico del problema de las especies se ha denominado microtaxonomía.
[2] Una pregunta común y complejo es: cuál es la mejor manera de decidir a qué especie pertenece un organismo, porque los grupos aislados reproductivamente pueden no ser fácilmente reconocibles y pueden estar presentes especies crípticas.
Sin embargo, esto no impidió los desacuerdos sobre la mejor forma de identificar las especies.
Si Darwin estaba en lo cierto, entonces, cuando se forman nuevas especies incipientes, debe haber un período de tiempo en el que aún no son lo suficientemente distintas como para ser reconocidas como especies.
Edward Poulton anticipó muchas ideas sobre las especies que hoy en día son bien aceptadas y que más tarde fueron desarrolladas más completamente por Theodosius Dobzhansky y Ernst Mayr, dos de los arquitectos de la síntesis moderna.
[12] Muchos biólogos dan crédito a Dobzhansky y Mayr conjuntamente por enfatizar el aislamiento reproductivo.
Muchos autores han pretendido "resolver" o "disolver" el problema de las especies.
[16][17][18][19][20][21][22] Algunos han argumentado que el problema de las especies es demasiado multidimensional para ser "resuelto" por un solo concepto.
Mayr, un defensor del realismo, intentó demostrar que las especies existen como categorías extramentales naturales.
Otra posición del realismo es que las clases naturales están delimitadas por el mundo mismo al tener una propiedad única que es compartida por todos los miembros de una especie, y ninguno fuera del grupo.
En otras palabras, una clase natural posee una característica esencial o intrínseca ("esencia") que es autoindividual y no arbitraria.
Esta noción ha sido fuertemente criticada como esencialista, pero los realistas modernos han argumentado que, si bien las clases naturales biológicas tienen esencias, estas no necesitan ser fijas y son propensas a cambiar a través de la especiación.
Algunas variantes filosóficas del nominalismo proponen que las especies son solo nombres que las personas han asignado a grupos de criaturas, pero donde se dibujan las líneas entre las especies no refleja ningún punto de corte biológico subyacente fundamental.
Por el contrario, algunos autores han abogado por el pluralismo, afirmando que los biólogos no pueden tener un solo concepto compartido de especie y que deberían aceptar múltiples ideas aparentemente incompatibles sobre las especies.