Por tanto no se interesaba por las plantas por razones farmacológicas sino por motivos más científicos.

Cada vez que abordaba una especie nueva, proporcionaba información sobre su hábitat, descripción morfológica, su floración e indicaciones terapéuticas.

En 1670, publicó Catalogus plantarum Angliæ et insularum adjacentium, primera obra sobre la flora inglesa.

Comenzó a publicar en 1686 Historia plantarum generalis, primer tentativa de una flora mundial.

Ray añadió a las especies europeas las plantas que le fueron enviadas por exploradores europeos.

Ray intentó una primera clasificación natural de las plantas y expuso su método en tres obras: Methodus plantarum nova (1682), el primer volumen de Historia plantarum (1686) y en Methodus emendata (1703).

No se conoce cual fue la participación de Ray en dicha obra, su amistad con Willughby, explica sin duda su discreción sobre este punto.

[2]​,[3]​ En su Historia plantarum,[2]​ indica también que las plantas no pueden transmitir a sus descendientes características adquiridas accidentalmente.

Para un creyente como John Ray, la Biblia se considera un documento histórico literalmente verdadero.