En 1770, dirige el jardín botánico y las colecciones de historia natural.
Es el autor de De ructibus et siminibus plantarum (1788-1791), donde la Baeckea imbricata fue descrita formalmente por primera vez, y a continuación escribió Supplementum carpologiae (1805-1807).
Viajó a través de Europa, haciendo hincapié en Montpellier, donde conoció a François Boissier de Sauvages de Lacroix (1706-1767), en Londres donde reencontró a Philip Miller (1691-1771) y a William Hudson (1730-1793), y en Leiden donde estudió con Adriaan van Royen (1704-1779), director del jardín botánico de la ciudad.
Su hijo fue el médico y botánico Karl Friedrich von Gärtner (1772-1850).
Los géneros Gaertnera de tres familias fueron nombrados en su honor.