Su padre, John Pepys, era sastre, y su madre, Margaret, era hija de un carnicero.

Las relaciones de Pepys con Downing no fueron muy buenas, así que con la llegada de la Restauración en 1660 Pepys aceptó la oferta que Lord Sandwich, pariente lejano suyo, le hizo para entrar a su servicio en el Almirantazgo.

Su actitud y habilidad como administrador durante la travesía agradaron al nuevo monarca y su patrón Lord Sandwich no tuvo gran problema para conseguir para Pepys un cargo de controlador en la alta administración del almirantazgo pese a que Pepys carecía de toda experiencia marítima.

En 1657 decidió someterse a una cirugía, lo que no era una opción fácil, por ser una operación especialmente dolorosa y llena de peligros.

Gracias a su talento en la administración y a su duro trabajo, consiguió progresivamente diversos cargos añadidos al de controlador, y se granjeó el favor del Lord del Almirantazgo, el futuro Jacobo II de Inglaterra.

Cuando concluye su diario, en 1669, Pepys rememora su pobreza al inicio hasta su situación presente, que le permitía disfrutar de lujos tales como un carruaje propio.

Tras su segunda estancia en prisión se retiró de la vida pública, y murió en 1703.

En efecto, en vida Pepys fue un ávido bibliófilo, y siempre mostró gran curiosidad por la ciencia.

Esto es debido a su franqueza por escrito acerca de sus propias debilidades y a la precisión con la que registra los eventos de la vida diaria británica y los principales acontecimientos del siglo XVII.

Como tal, los lectores del diario tienen ante sí una vista completa de un alma humana compleja: lo bueno y lo malo.

La yuxtaposición de sus comentarios sobre la política y eventos nacionales, junto con el plano personal, se puede ver desde el principio.

Como siempre con Pepys, son las personas, no los efectos literarios, la cuestión principal".

Por ejemplo, Thomas Phelps dedicó su libro a Pepys, por haberle este último presentado al rey.

Su vista comenzó a darle problemas y temía que la escritura con luz tenue estuviese dañando sus ojos.