En 1854 Newton fue elegido «travelling fellow» del Magdalene College de Cambridge, donde había estudiado, y visitó muchas parte del mundo, incluyendo Laponia, Islandia, Svalbard, las Indias Occidentales y Norteamérica.

Escribió numerosos libros, incluyendo Zoology of Ancient Europe (1862), Ootheca Wolleyana (comenzado en 1864), Zoology (1872), y un Dictionary of Birds (1893-1896).

Newton contribuyó con numerosos artículos a sociedades científicas, y editó The Ibis (1865-1870), el Zoological Record (1870-1872), y Yarrell's British Birds (1871-1882).

En 1872 fue la primera persona en describir el Psittacula exsul que también vivía en la isla Rodrigues.

La abreviatura Newton se emplea para indicar a Alfred Newton como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.