Su trabajo es ampliamente publicado en revistas científicas, así como en lugares tan tradicionales como The New York Times, el Times Literary Supplement y The New Republic.

Es un crítico del creacionismo, la evolución teísta y el diseño inteligente.

[6]​ Coyne es un claro defensor del ateísmo, el naturalismo metafísico y la tesis de conflicto.

Se ha argumentado que la incompatibilidad de la ciencia y la fe se basa en las diferencias irreconciliables en la metodología, la filosofía, y los resultados cuando tratan de discernir las verdades acerca del universo.

Coyne se considera un "liberal tradicional" y tiene una larga historia de activismo.

Fue arrestado, cuando estaba en la universidad, por entregar una carta a la embajada de Sudáfrica contra el apartheid.

Coyne no aprueba la forma en que algunos liberales contemporáneos están "tratando de callar a la gente".

La libertad de expresión tiene que defender a las personas más odiosas".