En el año 2000 se produce un hecho significativo en la historia del club, ya que pasa de llamarse C.D.
En La temporada 22-23 consigue el histórico ascenso a 2ª RFEF tras quedar primero en la Liga, siendo los entrenadores Txiki Azcaz y Patxi Larraza.
[6] El club ha conseguido ser campeón de Liga en 3ª División en 2004/05 y 2006/07.
[13] En la temporada 2012/13, el equipo filial se proclamó campeón de la Copa Navarra en 1ª Regional.
[14][15] El equipo juvenil del club recibió el Premio a la Deportividad DLB-FN la temporada 2013/14.