Los equipos participantes se repartieron en 18 grupos, en la mayoría de los cuales participaban 20 equipos.
Cada grupo correspondía a una Federación territorial y, por lo tanto, a una Comunidad Autónoma, excepto en el caso de Andalucía que se dividía en dos grupos (IX y X), a los que se sumaban los clubes de las ciudades autónomas de Ceuta y Melilla del norte de África.
Los equipos de cada grupo se enfrentaron todos contra todos en dos ocasiones, una en campo propio y otra en campo contrario.
El ganador de un partido obtenía tres puntos, el perdedor no sumaba ninguno, y en caso de un empate había un punto para cada equipo.
Al término de la temporada el equipo que acumulaba más puntos se proclamaba campeón de su grupo de Tercera División habiendo, por lo tanto, 18 campeones al final de esta campaña, uno por grupo.
Los cuatro primeros equipos de cada grupo tenían derecho a participar en la promoción de ascenso a Segunda División B.
En la mayoría de los grupos, los últimos tres equipos clasificados descendieron a Divisiones Regionales correspondientes.
Sin embargo, si un grupo viese disminuido el número de equipos por un número inesperado de ascensos a Segunda División B, la Federación Territorial podía autorizar la revocación de algún o alguno de los descensos a las Divisiones Regionales o aumentar las plazas de ascenso desde estas categorías a Tercera División.
Por caso contrario, si se hubiese producido un descenso de equipos desde Segunda División B que aumentase el número de participantes del grupo para la siguiente temporada, se podrían aumentar el número de plazas de descenso a las categorías inferiores.
En el caso de que durante el transcurso de la campaña algún equipo fuese expulsado o abandonase la competición, su plaza se computaría como una de descenso.
Referente a los equipos filiales, estos podían participar en esta categoría siempre que sus primeros equipos estuvieran compitiendo en categorías superiores de Liga española de fútbol puesto que no podían competir en la misma división.
Por ello, si un equipo descendiese de Segunda División B a Tercera División y su filial estuviese militando en esta categoría, este era automáticamente descendido a su División Regional correspondiente.
Del mismo modo, si un filial se hubiese clasificado para la promoción de ascenso a Segunda División B y uno de sus primeros equipos ya estuviese participando en esta categoría, no podría disputarla, por lo que su plaza pasaría al siguiente clasificado del grupo.
• C. Rápido de Bouzas • Santa Comba C.F.
Universidad de Oviedo[4] • C. Atlético Deva • S.D.
Español de Barcelona "B"[7] • C.E.
Jove Español de San Vicente • U. D. Juventud Barrio del Cristo • C. F. La Nucía • Levante U. D. "B"[9] • Novelda C.F.
Alcalá • F. Alcobendas Sport • C. Atlético de Madrid "C" • C. Atlético de Pinto • C.D.
San Sebastián de los Reyes • D.A.V.
Cebrereña • Cultural D. Leonesa "B" • Gimnástica Segoviana C.F.
Numancia de Soria "B" • C.F.
Almería "B" • Arenas de Armilla C.yD.
Imperio de Albolote • Loja C.D.
San Roque de Lepe • Sevilla F. C. "C" • C.D.
Artá • Atlético de Ciudadela C.F.
Villa de Santa Brígida "B"
Don Benito • Imperio de Mérida C.P.
• C. Atlético de Monzón • U. D. Barbastro • C.D.
Gimnástico de Alcázar • Hellín Deportivo • C.D.
Los equipos clasificados para la promoción de ascenso a Segunda División B de la temporada 2008-09 se exponen en la siguiente tabla: Se indican en negrita los equipos que consiguieron el ascenso.