Se cree que los aborígenes lo llamaban Huelén, que significaría 'dolor, desdicha',[2] aunque su verdadera etimología aún no ha sido dilucidada y es controversial hasta el día de hoy.La ciudad inca del Mapocho se la comparaba, según escritos demostrados en el estudio, como otra versión de Cuzco, un lugar en que prosperaba la minería y la agricultura.[14] Según el cronista Gerónimo de Bibar, Valdivia tenía la intención de «poblar un pueblo como el Cuzco a las riberas del río nombrado Mapocho y que fuesen allá a darle obediencia».Sin embargo, estas nuevas investigaciones dan fuerza a la teoría de que lo que ahora es el centro de Santiago podría haber sido un importante centro administrativo y ceremonial del Imperio inca.[21] De acuerdo a lo observado por Stehberg y Sotomayor, los vestigios arqueológicos señalan la existencia del antiguo asentamiento incásico en Santiago, con influencias de las culturas diaguitas y Aconcagua.Cuando los conquistadores llegaron al valle del río Mapocho, utilizaron este peñón como un punto de reconocimiento y mirador.Posteriormente, lo seguiría en las mismas empresas Bartolomé Blumenthal, bisabuelo de la Quintrala.Al oriente del cerro Santa Lucía se crearon dos fincas: una en 1546, que perteneció posteriormente a Bartolomé Blumenthal (castellanizado como Bartolomé Flores) y otra en 1557, la de Juan Gómez.Hacia fines del siglo XVIII, fueron subdivididas en diez quintas, lo que dio origen a los callejones que a principios del siglo XIX se convirtieron, entre otras, en las calles Padre Valdivia (antigua Los Patos) y Victoria Subercaseux (antigua Tres Montes), aunque, debido al descuido, llegaron a ser denominadas "basurero".Durante la Reconquista (1814-1817), en el gobierno de Casimiro Marcó del Pont (último gobernador español de la Capitanía General de Chile), es cuando el cerro adquiere mayor significado como elemento de resguardo militar, al construirse en él dos fuertes o castillos: la batería Marcó, luego Castillo González (donde actualmente está la plaza Caupolicán), y la batería Santa Lucía, luego Castillo Hidalgo.Esas baterías quedaron inconclusas, pero fueron terminadas más tarde por el Gobierno Nacional, aunque en realidad jamás fueron utilizadas para su destino original de defensa.El Observatorio Astronómico Nacional fue oficialmente inaugurado en 1852 y se constituyó en uno de los primeros observatorios en América y quizá en el más activo durante el siglo XIX, ya que en esta época se publicaron alrededor de 30 trabajos científicos en revistas internacionales especializadas de Alemania, Inglaterra y Estados Unidos.Benjamín Vicuña Mackenna plantó el 23 de octubre de 1873 varios ejemplares de palma chilena (Jubaea chilensis) en el sector oriental del cerro traídas desde la Hacienda Cocalán, los que un año después describiría que ya empezaban a formar un bosque.Sin embargo, en varias ocasiones este cañonazo ha sido suspendido por distintas razones.
