Su proyecto, denominado guerra defensiva, concitó el apoyo inicial de la monarquía española, pero con el paso del tiempo fue considerado un fracaso y cayendo el padre Valdivia en el descrédito.

Allí, tras pasar por Lima y Cuzco, se le destinó a la misión de Juli, donde los religiosos realizaban trabajos tipográficos en lengua aimara.

En esa ciudad se convirtió en rector del colegio jesuita local, erigiendo, además, el primer templo santiaguino de su congregación.

El recién llegado virrey, el marqués de Montesclaros también acogió los informes del jesuita sobre la guerra.

Valdivia proponía eliminar los servicios personales, establecer una frontera firme en el Río Biobío e iniciar una conquista religiosa por medio de la actividad misionera.

El virrey, bastante convencido, envió al sacerdote a España, en 1609, en búsqueda de aprobación real para el sistema propuesto.

Posteriormente, Fernando Márquez Miranda halló en el Cuzco el libro completo del millcayac en 1943 y Roberto Bárcena volvió a hallar el mismo ejemplar en 2009; finalmente, unos años después Nataly Cancino descubrió en Italia un libro que contiene ambias obras completas.

Lo acompañaban otros diez misioneros jesuitas, dispuestos a solucionar el conflicto mapuche por medio de la predica cristiana.

El rey Felipe IV, entronizado en 1621, no era tan afín a las ideas de Valdivia como su antecesor.

[1]​ Valdivia pasó los últimos años de su vida en Valladolid, dedicado a la pedagogía y el trabajo intelectual, muriendo en esa ciudad en 1642.