En aquel momento, el Model 314 constituía el mayor transporte fabricado en serie para el servicio regular de pasajeros.
Tres unidades del nuevo pedido se vendieron a BOAC, con anterioridad a su entrega, para el servicio trasatlántico, y operaron en el sector Foynes-Lagos de la Ruta de la Herradura durante la II Guerra Mundial.
Las otras tres fueron transferidas a la Armada estadounidense para unirse a otras dos adquiridas directamente de Pan American: esas aerolíneas suministraron las tripulaciones para los B-314 de la Armada, y fueron parcialmente camuflados, aunque operaron con matrícula civil.
BOAC y Pan American dieron por terminado el servicio de los Boeing Model 314 en 1946; los aviones supervivientes se vendieron a líneas aéreas chárter americanas.
Los aviones serían operados por la British Overseas Airways Corporation (BOAC) y estaban destinados principalmente a la ruta Reino Unido-África Occidental, ya que los hidrocanoas existentes no podían viajar por esta ruta sin detenerse en Lisboa.
Para organizar la venta, el ministro subalterno, Harold Balfour, tuvo que aceptar el contrato sin la aprobación del Gobierno, lo que provocó una severa desaprobación de Winston Churchill y un largo debate por parte del Gabinete sobre la propiedad de la compra.
[8] Al estallar la guerra en el Pacífico en diciembre de 1941, el Pacific Clipper se dirigía a Nueva Zelanda desde San Francisco.
Solo cambiaron los colores en las aeronaves: los Clipper continuaron siendo volados por sus experimentados equipos civiles de Pan Am.
El Model 314 era el único avión en el mundo que podía hacer el salto sobre el agua de 3460 km[10] y se le dio la designación militar C-98.
Alfred Hitchcock, en la película rodada en 1940 Foreign Correspondent (Enviado especial/Corresponsal extranjero) utiliza un Boeing 314 para filmar una importante escena de un accidente aéreo.
También son conocidas las escenas de la película de 1981 Raiders of the Lost Ark (titulada En busca del arca perdida en España y Los cazadores del arca perdida en Hispanoamérica) cuando el protagonista Indiana Jones utiliza un B-314 Clipper en un vuelo transoceánico.