Allí redactó su primer escrito público, "Rápida ojeada sobre la pasada época", opúsculo donde criticaba las políticas del caudillo tucumano Alejandro Heredia.

Lo acompañó durante la campaña de La Rioja y redactó sus proclamas hasta que este regresó a Tucumán.

Desde el periodismo se dedicó a atacar al gobernador porteño Juan Manuel de Rosas.

Fue acusado de ser espía del presidente boliviano José Balliviány debía ser expulsado hacia Ecuador.

Apoyó una empresa de colonización en esa zona, pero el clima y la lejanía a los mercados no permitieron que tuviera éxito.

Se unió a los amigos del gobierno porteño, y redactó el diario El Nacional Argentino en Paraná.

[cita requerida] En noviembre de 1860 viajó a Tucumán, donde fue nombrado ministro del gobernador Salustiano Zavalía.

En agosto de ese año renunció Zavalía, por haber fracasado en solucionar la crisis interna en Santiago del Estero, y en su lugar fue elegido gobernador Villafañe.

Su gobierno fue breve y no alcanzó a tomar casi ninguna medida de gobierno: sólo se pudo ocupar de la invasión que le llevó el catamarqueño Octaviano Navarro, entre cuyas fuerzas venía el caudillo federal tucumano Celedonio Gutiérrez.

En 1870 volvió a ser senador, y colaboró en el diario La Tribuna, órgano semioficial del Partido Autonomista.