El origen del topónimo Bayona ha sido, históricamente, fruto de innumerables controversias: estudios recientes parecen relacionar el origen del mismo con el cercano río Baíña.
Su primer elemento "bay" (en gallego "bai") derivaría del preindoeuropeo vascónico "ibai" que significa vega o río.
Sin embargo, el ayuntamiento utiliza una versión que no coincide con el blasón aprobado en la que bueyes y barcos miran hacia el centro del escudo y los barcos presentan velas blancas con cruz roja.
[9] En cuanto a su simbología, el buey hace referencia a Monte Boi - fortaleza que servía para defender al pueblo de la ría -, mientras que la carabela representa la relación de la villa con el mar, pues a Bayona llegó La Pinta, capitaneada por Martín Alonso Pinzón, tras el descubrimiento de América y del mismo lugar partió la armada de Felipe II para combatir a los ingleses.
[10] Los escudos más antiguos que se conocen son los situados en la capilla de Santa Liberata, construida en 1695, y en una de las puertas del anuario-archivo, construido en 1769.
Los ríos son todos pequeños, destacando el río Groba, que, en un tramo, hace de frontera con Gondomar, y el río Miñor, que desemboca en la bahía de Bayona.
Los restos castreños y romanos son escasos en todo el municipio, contándose con una área extensa de petroglifos en Baíña y una calzada romana que discurre por la Groba hacia Vigo.