El Bajo Duero es una subcuenca de explotación dentro de la Cuenca Hidrográfica del Duero.Entre los afluentes del Duero en esta área encontramos los ríos Zapardiel, Trabancos y Guareña, por margen izquierda y los ríos Hornija y Valderaduey (desde confluencia con el río Sequillo) y los ríos afluentes de los anteriores: Valtodano (afluente del Zapardiel), Regamón (afluente del Trabancos), Mazores (afluente del Guareña), Bajoz (afluente del río Hornija) y el río Salado (afluente del Valderaduey).
Al Bajo Duero (en orden de longitud) pertenecen los siguientes ríos de interés: ZEC y LIC "Humedales de los Arenales", LIC "Riberas del río Duero y afluentes" - Subzona Esla-Valderaduey - Subzona Órbigo - Subzona Tera - Subzona Carrión - Subzona Pisuerga - Subzona Arlanza - Subzona Alto Duero - Subzona Riaza - Subzona Cega-Eresma-Adaja - Subzona Bajo Duero - Subzona Tormes - Subzona Águeda